Eredeti lakói a XIII. században hagyták el, és csak ötszáz év múlva talált rá két cowboy Amerika legnagyobb régészeti szenzációjára.
Az anasazi indiánok
A navajo indiánok nyelvén "ősöket", "régieket" jelent az anasazi. 1600 évvel ezelőtt telepedtek le Mesa Verde körzetében, ahol három nagy korszakukat figyelték meg a régészek. 550 és 750 közé teszik a módosított kosárfonó-periódust, amikor a jukkarostokból font kosarak mellett megjelenik az agyagművesség is, egyszerű szürke edényeket készítenek. A Pueblo–I korban (750–900) jelent meg a talaj szintje fölötti kő- és sárépítkezés, majd a Pueblo–II korban (900–1150) már tornyokat és vízgyűjtő medencéket is építettek, akkor kezdődött a kultúra igazi virágzása, amely a Pueblo–III korban (1150–1350) teljesedett ki, ezért az időszakot "nagy pueblo korszaknak” is nevezik.
Akkor épültek a Mesa Verda kanyonjainak teraszain húzódó épületek is, amelyeket csak létrákkal és kötelekkel tudtak megközelíteni. A XIII. század végén bekövetkező több mint két évtizedes szárazság hirtelen véget vetett a virágzásnak, akkor ürültek ki Mesa Verde házai. Az anasazik délebbre költöztek, a mai Új-Mexikó és Arizona államok területére, csakhogy túl gyorsan, mivel még mindennapi használati tárgyaikat is hátrahagyták. Az anasazik menekülésszerűen hagyták el a helyet, aminek okát a mai napig nem tudja megmagyarázni a tudomány.
Mesa Verde felfedezése
Az anasazik kőtelepüléseinek felfedezése egy talajkutató, John Moss nevéhez fűződik, aki 1874-ben a kiváló fotográfust, William Henry Jacksont is elvezette az ute indiánok területére, aki a Mancon Kanyonban készült képeket 1876-ban állította ki Philadephiában. 1875-ben William H. Holmes geológus megismételte Jackson utazását. Jelentéseik bekerültek az 1876-os Hayden Survey-be, amely program az amerikai Nyugat felmérését szolgálta. A publikáció megindította a délnyugat régészeti emlékeinek kutatását, így az anasazik építészetének kutatását is.
Cowboyok a Sziklapalotában
A Mesa Verdén élő Wetherill család jó kapcsolatban volt a helyi ute indiánokkal, akik beszéltek nekik egy helyről, ahova az uték sosem járnak, mivel az egy szent hely. Richard Wetherill és Charlie Mason cowboyoknak viszont nem volt szent, így 1888. december 18-án fedezték fel az anasazi indiánok 1190–1260 között épített 150 lakószobából álló épületegyüttesének romjait, a Sziklapalotát, amelyet a korábban erre járók elkerültek. A nevet maga Wetherill adta a romnak, aki több tárgyat is összegyűjtött, melyek egy részét eladta a Coloradói Történeti Társulatnak, más részét megtartotta.
Azt, hogy meddig lakták a Sziklapalotát, természetesen csak később, a harmincas években tudták meghatározni a kutatók. A palota előtt nyitott terasz volt, ahol közösségi életüket élték a lakók, szőttek, fazekakat készítettek, magvakat őröltek. A komplexumban 23 kivát – földbe mélyített szertartási célokat szolgáló vermet – is találtak, amely szintén a Sziklapalota jelentőségét mutatja.
Gustaf Nordenskiöld és letartóztatása
Wetherillék 1891-ben a svéd kutatót, Gustaf Nordenskiöld mineralógust (lentebb) látták vendégül, aki immár tudományos módszerekkel mérte fel a Mesa Verdét, rendszerezte az előkerült leleteket, fényképezett és leírta és lerajzolta az épületeket.
A lelőhelyet – talán egy idegentől – féltő helyiek feljelentették a leleteket ládákba, majd vonatra pakoló Nordenskiöldöt, akit a durangói sheriff 1891 szeptemberében le is tartóztatott, de mivel akkoriban Coloradóban nem voltak törvények a kulturális örökség védelmére, rövid idő után szabadon engedték. 1893-ban adta ki a The Cliff Dwellers of Mesa Verde, Southwestern Colorado: Their Pottery and Implements című könyvét, amely a következő évtizedek kutatásának alapkövének számított. Amerikából való visszatérte után az ásványtannak szentelte magát, de 1894-ben megromlott az egészsége, a következő évben egy vonatúton halt meg, 27 évesen.
Virginia McClurg hosszantartó munkájának köszönhetően Theodore Roosevelt elnök 1906-ban védett nemzeti parkká nyilvánította a Mesa Verdét.